I primi insediamenti si hanno dopo l'anno mille. La zona era prevalentemente acquitrinosa e boschiva. Il suo nome lo deve probabilmente alle numerose risorgive presenti sul territorio. Il primo documento che parla di Villafontana è stato creato dal Vescovo di Verona Cardinale Agostino Valerio nel 1573 nel quale viene citata l'istituzione della Rettoria di Sant'Agostino. Sul finire del XVI secolo Villafontana contava circa 300 abitanti ed era costituito da una ventina di case in muratura. La struttura urbanistica di questa contrada, nella seconda metà del XVI secolo, è chiaramente illustrata nel disegno del Piazzola del 1570. Il nucleo centrale della contrada, che era formato da sedici edifici in muratura e da otto case di paglia, si sviluppava ai lati della strada per Verona.
Al suo estremo nord, sorgeva la Chiesa, e precisamente all'inizio della strada per il Vallese. Dal lato sud, il borgo terminava con la grande corte del cavalier Redolfo, che si sviluppava ai due lati della strada per Verona. La parte principale della corte era di forma quadrata, di cui, tre lati erano occupati da fabbricati in muratura e dalla torre colombara, mentre sul quarto lato insisteva un muro merlato che la separava dalla strada. Oltre la strada, si trovavano una barchessa e un altro rusticale (oggi Villa Merlin), ambedue in muratura. L'elemento più interessante, di questa area, era rappresentato da una macchina idraulica in legno, che consentiva di sollevare l'acqua dalla seriola Brenzona, recentemente scavata, mediante una grande ruota e di portarla, attraverso un canale elevato in legno, ad una piccola seriola scavata lungo il bordo della strada. In questo modo il cavalier Redolfo poteva irrigare a scorrimento i suoi prati. Nel centro della contrada vi erano altre due corti parzialmente racchiuse da mura merlate: quella di Hieronimo Rizzon e quella del Sig. Caprini. Infine, ricordiamo messer Alessandro Cuin che era in quell'epoca, proprietario e gestore del mulino con due ruote di Villafontana.
Un altro disegno, del 1740, ci offre uno stupendo panorama sulla contrada di Villafontana nel XVIII secolo, e delle perfette geometrie delle corti. Le proprietà Redolfo, divenute di proprietà del Conte Noris, sono tutte circondate da mura e suddivise a metà da un corpo di fabbricato perpendicolare ai lati maggiori. Le dimensioni della corte erano giustificate dalla vastità dei possedimenti Noris, che stringevano come in una morsa, l'abitato di Villafontana. Il grande sviluppo agricolo che Villafontana conobbe nel XVII e XVIII secolo fu dovuto alla ricchezza d'acqua. Essa, infatti, poteva usufruire dell'acqua dell'Adige, per irrigare i terreni nord-orientali, ma soprattutto delle numerose sorgenti situate nella parte occidentale del suo territorio, verso Mazzagatta. Probabilmente è alla presenza di queste numerose fontane che la contrada deve il suo nome.
La maggior quantità d'acqua proveniva dal fiume Menago, che all'altezza di Villafontana descrive una ampia ansa, prima di entrare nelle valli di Bovolone. Il Menago forniva la forza motrice per il mulino di Villafontana, già presente nel 1570, come appare dal disegno del Piazzola. Nella prima metà del 600, alle ruote da macina fu aggiunta una pila da riso. Questo evento è confermato dal disegno di Giovanni Batista Dante del 1644, che ci informa anche che Annibale Serego ne era allora il proprietario. Nel 1704 il molino e la pila appartenevano a Camillo Fracastoro, e la famiglia dei conti Fracastoro ne erano ancora in possesso nel 1781. ""Si dice che anche Napoleone sia transitato a Villafontana, presso la Villa Noris.""

Nel XIX Secolo le barchesse e i rusticali di Villa Noris che si trovarono oltre la strada, assunsero l'attuale conformazione ancora oggi visibile nella Villa Merlin. La struttura ingrandita e ristrutturata nella seconda metà del XX Secolo si articola in due grandi ali laterali prospicenti ad un grande parco di circa 33000 mq che si snoda a gradoni fino ad aggiungere le rive del corso d'acqua del Menago.